周馥辞官后,先住在芜湖别墅。辛亥革命后,避居青岛。第一次世界大战爆发,又移住天津。在此期间,他曾5次回建德老家叙乡情,为家乡办善事;谒祖墓,安排自己的墓地,写下了不少诗作。其中七侓《还乡三首》中道:
举火相依七十家,年来分俸惠难赊;
买田取妇都成业,挈酒携浆竞迓车。
剩有遗民谈劫火,半多客户艺桑麻;
玉峰山下兰溪水,照影应惊两鬓华。
两面青山树万枝,车声轭轭路逶迤;
一肩行李黄尘晚,记得垂髫上学时。
民国六年(1917)7月1日,张勋拥清宣统帝在京夏辟,为拢络旧臣,密谋委任周馥为协办大学士。馥未就,冯国璋、段祺瑞讨逆军进京,张勋10日逃入荷兰使馆,夏辟丑剧结束。
周馥长期与公文相伴,经常夜半就寝,常年笔砚摆在枕席间,有时卧床思而有获,立即披衣援笔以待旦。退居后,优游颐养,体健神驰,纵游佳山秀水,先后谒周汉晋魏诸帝陵,登黄山、九华山、庐山,过长江三峡,下钱塘观潮,至苏州虎丘,上杭州天竺,到大同揽古昔边寨,写下大量诗篇,摘其三首:
庐山风雨
云自堂坳起,雷从山脚鸣;
须臾天地合,恍惚石严倾;
小阁寒生雾,屋霄沸有声;
明朝观瀑布,百道泻纵横。
山峡
楚蜀严关键,行人困险艰;
风腥人鲊甕,月冷鬼门关;
天地留荒秽,山川自傲顽;
我行幸安稳,已觉鬓毛斑。
岳王坟
为拜崇封一感伤,可怜雄略遇孱王;
奸谋自探君心出,和议遂教国耻忘。
朔漠风霜遥祭日,西湖歌管太平乡;
千秋公道民心在,又铸顽金跪下方,
民国九年(1920)直鲁豫旱灾,赤地千里,流亡载道,难民麇集天津,餐宿风露中,他怜叹哀之,命子周学熙邀同人发起募捐以赈,设粥厂收养4800人,及春资遣归故里。民国10年(1921),皖北水灾,他邀乡人联名请政府派许世英专理赈事,并捐款为之。在天津设义赈会,推龚仙舟为总管,支援灾民。
他嗜好读书,尤喜历代诗文、历代诗话,未偿一日释卷,写下了大量著作及诗篇,后人将其著述整理成全集34卷。
他常念原配夫人吴氏天性慈善,感其患难与共,爱好勤俭操作,终身布衣素食,去世后,为她立传载史。还有侧室王氏、李氏,她们去世后,遗体都运回家乡安葬。周馥育有六子三女,对子女垂教甚严,仅示詩就有23首。
《示海铭二儿》写道:
武侯戒子书,淡泊与宁静;
圣人百世师,忠恕重垂警;
所贵收放心,慾绝外物屏;
改过如扫地,时见尘满境;
读书如尝食,甘苦在心领;
一步一从容,即事即思省;
久久心自明,豁然开万顷;
矢志金石坚,造物难为梗。
民国十年(1921)元旦时,他对子说:“吾今年八十有五,精力以衰,岁不我与,附棺之事,尔曹早之毋忽也。”秋7月体生红痱,8月寒热时仍然,9月初眠食顿减,6日还作诗一首:
天命运已尽,徒将医药缠;
长饥不思食,醒卧亦安眠;
默数平生事,多邀意外缘;
皇天偏厚我,世运愧难旋。
之后坚不服药,闭目安卧,有时命奏八音琴以娱耳。家人亲友或自远来,闻声遍知是谁,略述一二语以示别离。13日因前诗中“思”误作“嗜”,还取笔易之。9月21日离开了人世。
周馥去世后,民国政府总统徐世昌亲制挽幛,遣官致祭。清王朝虽已覆亡十载,而末代皇帝溥仪小朝廷尚在活动,对周馥之死还下了一道谕旨,予谥“悫慎”。后来,周家刻印周馥的文集使用谥号,名为《周悫慎公全集》。由周学熙、学渊、学辉等所有健在子孙不远千里,护柩回邑安葬,并携带两组发电机。
路过安庆时,安徽省长许世英(今东至县人)出面,调安庆电灯厂机师万鸿年同来帮助安装开机。回县后,灵柩先停在离老宅1公里的农林公会(今烈士陵园山脚下),后运往云雾坑祖坟地安葬(今官港镇石城)。
周馥先前为官的地方,得知他去世后,纷纷致电民国政府,要求建专祠以祀,先后有直隶、江苏、山东、安徽等省建了周馥祠,秋浦县也在南门岭建了乡贤祠。