周馥一生为官,因有李鸿章为其后盾,尽管身处晚清政坛的大风大浪中,然终无大的坎坷。他历官永定河道、津海关道、直隶按察使、前敌营务处、四川布政使、直隶布政使、护理直隶总督兼北洋通商大臣、山东巡抚,官至两江总督、两广总督。表面上看,他是高官厚禄,平步青云,其实派到他头上的都是苦差事,无论是治河、创办海军,还是以天津为中心,举办北方的“新政”,没有一样是“省油的灯”。诸如治黄河、办军需等防务之事,河堤和舰船都是用银子“垒”起来的,动辄都要向户部伸手。而户部老夫子翁同与李鸿章历来一对冤家,原定每年由广东、福建等地海关,与江苏、浙江等省厘金项下拨出的400万两,南北洋各得一半,然而各省多有拖欠,北洋实际收到年仅数十万两,远远不能满足购买军舰及武器装备的需要。而河务和军务均令下如山倒,这一切难堪都只好由周馥来承担。
庚子8月,周馥到保定走马上任,出任直隶布政使。那时法国兵尚未退走,督府衙门经此战乱已颓败不堪,房屋无门窗,无板壁,仅剩数根柱子支撑着断垣残瓦。面对此景,他戏撰一联云:“山有盗,野有匪,城有洋兵,何时是化日光天气象;库无银,档无册,房无书吏,全凭我空拳赤手指挥。”
然而周馥不愧为李鸿章的第一幕僚,“于洋务、商务,均能相度机宜,随同悉心筹画,有裨时局”(李鸿章语),“北洋新政,称盛一时,馥赞画为多” (《清史稿·周馥传》)。他亲手创办的“新政”有:天津电报官局、北洋电报学堂、北洋水师学堂(我国第一所海军学校)、天津工程局、天津武备学堂(我国最早的陆军军官学校)、天津机器局、集贤书院、博文书院(自捐银3000两购地,旧址现为海河中学),其中兴修铁路,禀请修筑从胥各庄至阎庄的铁路,以解决运煤困难,“铺设钢轨六十里”,是为中国兴办铁路之始。他办的军事学堂,培养了大批近代军事将官,后来著名的“北洋三杰”王士珍、冯国璋和段祺瑞,都是毕业于北洋武备学堂的学生。从这个角度讲,周老夫子还是北洋军阀的太师爷呢。他的幕僚和学生,代代相因,进入民国后不知几百上千,然而他自己的后代子孙,都没有走“武备”的道路,而是按照“老法”安徽人的传统,走上读书与经商之路。
周馥有6个儿子:周学海、周学铭、周学涵、周学熙、周学渊、周学辉,其中除了周学涵早夭外,其余5个公子均于光绪年间,先后步入仕途。可是他们的兴趣似乎都不在仕途,而是凭借其父在北洋奠定的实业和人事上的基础,加之他们各自的才华,加入了洋务的洪流,其中于国计民生影响最大的是老四周学熙,被后世尊为“北方的实业巨头”,与南方的状元实业家张謇并称为“南张北周”,开创了周氏家族的新格局。